La historia de El laberinto del fauno se sitúa en el período posterior a la Guerra Civil Española en 1944. Los franquistas prevalecieron. La resistencia está organizada y activa en el maquis, con la esperanza de derrocar el poder fascista. El Capitán Vidal es un franquista. Se le dio la tarea de eliminar la resistencia. Luego se instaló en un viejo molino, con el fin de destruir a los guerrilleros que se escondían en el bosque circundante. Ofelia, de 12 años, llega con su madre Carmen. Ante la violencia que percibe en la casa de su padrastro y el ambiente agónico de la casa, Ofelia se refugia en los cuentos de hadas para protegerse. Unos días más tarde, guiada por un insecto que ella imagina que es un hada, Ofelia descubre un laberinto en el borde del bosque, habitado por una fauna espantosa.
Esta le anuncia que es Moana, la princesa perdida de un reino de hadas. Para recuperarla, debe pasar por tres pruebas peligrosas. Al mismo tiempo, el Capitán Vidal se vuelve más y más brutal. Está a punto de vencer a la resistencia.
En esta película el director ilustra la violencia de la posguerra de los años 40 a través de los ojos de un niño. Intenta dar sentido al inquietante mundo en el que vive, refugiándose en los cuentos de hadas.
